Хогвартс делится на 4 факультета (houses), каждый назван по имени своего основателя: Годрик Гриффиндор, Салазар Слизерин, Кандида Когтевран и Пенелопа Пуффендуй. Каждый факультет имеет свой талисман, свои цвета и своё привидение. В продолжении учебного года факультеты соревнуются за кубок факультетов, набирая и теряя баллы. Каждый факультет имеет свою квиддичную команду, и команды соревнуются за кубок школы по квиддичу. Эти два соревнования порождают соперничества между факультетами. Во главе факультета стоит декан (Head), в прошлом учившийся на этом факультете. На своём факультете декан отвечает за донесение важной информации до сведения студентов, наказания студентов за серьёзные проступки, реагирование на аварийные ситуации. Каждый факультет имеет собственные спальни и свою гостиную. За редкими исключениями, спальни и гостиная факультета недоступны для студентов других факультетов и охраняются картинами, требующими разгадать загадку (гостиная Когтеврана) или назвать пароль (все остальные гостиные). На своём факультете мальчики не имеют права входить в спальни для девочек, а девочки в спальни для мальчиков входить могут. Это правило установили основатели, считавшие девочек более порядочными.

В первые годы существования Хогвартса его основатели лично отбирали студентов для своих факультетов. В дальнейшем из-за беспокойства об отборе студентов после смерти основателей Годрик Гриффиндор снял свою шляпу, и каждый основатель добавил туда свои знания. С тех пор студентов распределяет Сортировочная Шляпа. При этом она учитывает желания самих студентов.

Баллы.
Ежегодно проходит соревнование между факультетами, какой из них получит больше баллов. За достижения и промахи каждого студента — как академические, так и дисциплинарные — могут быть начислены или сняты баллы с его факультета. Таким образом, в Хогвартсе используются групповые поощрения и наказания. В первой книге гриффиндорцы объявляют коллективный бойкот Гарри Поттеру и его друзьям за потерю 150 баллов.

Снимать или добавлять баллы факультетам имеет право любой преподаватель, а также факультетский староста. Похоже, что нет правил по поводу того, какое количество баллов снимается или добавляется в каких случаях (кроме неписаных традиций: например, за правильный ответ на уроке начисляют 5-10 баллов, столько же снимают за мелкий проступок). Северус Снегг пользуется этим, по любому поводу снимая баллы с других факультетов, в особенности с Гриффиндора.

Также баллы начисляются за высокие результаты в ежегодном турнире по квиддичу между четырьмя факультетами.

Отмеривают баллы большие заколдованные песочные часы в холле. Их четыре: по одному на каждый факультет. Вместо песчинок в них — драгоценные камни цвета факультета: рубины в гриффиндорских часах, жёлтые топазы — в пуффендуйских, сапфиры — в когтевранских, изумруды — в слизеринских). Когда баллы добавляются или снимаются с факультета, в соответствующих часах такое же количество камней падает в нижнюю половину или, наоборот, поднимается в верхнюю.

В конце каждого года факультет, набравший наибольшее количество очков, выигрывает кубок.

Гриффиндор.
Гриффиндор ценит храбрость, дерзость и рыцарственность (chivalry). Талисман — лев, цвета — красный и золотой. Декан — преподаватель трансфигурации Минерва Макгонагалл. Привидение — Почти Безголовый Ник. Основатель — Годрик Гриффиндор. Согласно Роулинг, Гриффиндор соответствует стихии огня.

Хотя Гриффиндор считается «хорошим» факультетом, не все гриффиндорцы попадают в эту категорию. Так, Кормак Маклагген груб и невыдержан. Гриффиндорка Ромильда Вейн пыталась соблазнить Гарри Поттера, используя любовное зелье. Пожиратель Смерти Питер Петтигрю тоже учился на этом факультете.

Общая комната Гриффиндор располагается в одной из самых высоких башен, вход в которую находится на 7 этаже восточного крыла замка. Он охраняется портретом Полной Дамы в розовом платье, которая открывает проход, запрашивая пароль с любого, кто хочет войти в комнату.

Пуффендуй
Пуффендуй (ориг. Hufflepuff) ценит тяжёлый труд, верность и честность (fair play). Талисман — барсук, цвета - канареечно-жёлтый и чёрный. Декан - преподаватель травологии Помона Стебель. Привидение - Толстый Монах. Основатель - Пенелопа Пуффендуй. Согласно Роулинг, Пуффендуй соответствует стихии земли.

Гостиная и спальни Пуффендуя распологаются где-то в подвале. Вход около кухонь. Гостиная полна жёлтых гардин и мягких кресел, маленькие подземные туннели с абсолютно круглыми дверями ведут оттуда в спальни (очень похоже на барсучью нору).

В Пуффендуе учились Седрик Диггори, Нимфадора Тонкс, Эрни Макмиллан, Захария Смит, Ханна Эббот.

Когтевран.
Когтевран (ориг. Ravenclaw) ценит ум, творчество, остроумие и мудрость. Популярная когтевранская пословица гласит "wit beyond measure is man's greatest treasure" (мудрость без меры - высшее сокровище человека. Талисман - орёл, цвета - синий и бронзовый (в фильмах заменены на синий и серебристый). Декан - профессор заклинаний Филиус Флитвик. Привидение - Серая Леди. Основатель - Кандида Когтевран. Согласно Роулинг, Когтевран соответствует стихии воздуха.

Спальни располагаются в западной части школы. Гостиная (впервые описывается в кульминации книги «Гарри Поттер и Дары Смерти») круглая, с голубыми гардинами и мягкими креслами, куполообразным потолком, на котором нарисовано звёздное небо и статуей Кандиды Когтевран в диадеме. Статуя выполнена в натуральную величину. Для входа в гостиную требуется не назвать пароль, а правильно ответить на загадку.

Слезерин.

Как и Салазар Слизерин, основатель факультета, Слизерин ценит амбициозность, хитрость, находчивость. Книга также позволяет предположить, что для слизеринцев характерна жажда власти. Талисман Слизерина - змея, цвета - зелёный и серебристый. Декан - Северус Снегг, профессор зельеварения. Его преемник на этом посту - Гораций Слизнорт, также преподававший зельеварение. Привидение - устрашающий Кровавый Барон. Согласно Роулинг, Слизерин соответствует стихии воды. Спальни и гостиная Слизерина распологаются за каменной стеной в подземельях. Гостиная Слизерина - длинная низкая комната, выдержанная в стиле подземелья, находящаяся под Хогвартским Озером, освещённая зелёными лампами и обставленная резными креслами.

К моменту поступления Гарри Поттера в Хогвартс Слизерин пользовался зловещей репутацией. Рубеус Хагрид сказал ему, что не было злой волшебницы или волшебника, который бы не учился в Слизерине. Со стороны Хагрида это было преувеличением, поскольку Сириус Блэк, которого он тогда считал убийцей многих людей и Пожирателем Смерти, учился в Гриффиндоре. Но многие злые волшебники действительно вышли из Слизерина, включая Волан-де-Морта и почти всех его сторонников (Питер Петтигрю учился в Гриффиндоре). Во время Битвы за Хогвартс ни один студент Слизерина не вызвался сражаться против Волан-де-Морта. С другой стороны, были и хорошие слизеринцы, как например Гораций Слизнорт и Северус Снегг, хотя последний сначала служил Волан-Де-Морту и лишь потом перешёл на сторону Дамблдора.

Среди качеств, влияющих на попадание в Слизерин, Сортировочная Шляпа называет чистоту крови, но до пятой книги этот фактор не упоминается. Кроме того, не все студенты Слизерина были чистокровными (примеры обратного: Северус Снегг, Том Реддл). В последней книге группа егерей заявляет, что "not many Mudbloods" ("не много грязнокровок") распределяется на Слизерин, из чего следует, что некоторые нечистокровные маги туда всё-таки распределяются.

Считая, что победа над Гарри Поттером близка, Волан-де-Морт решил уничтожить все факультеты, кроме Слизерина, где учились бы все студенты Хогвартса. Однако Волан-де-Морт был побеждён и погиб, после чего Слизерин перестал быть бастионом чистой крови.